dijous, 19 de març de 2020

La prova de detecció del SARSCov2: PCR.

Aprofitem el confinament per fer una mica de ciència. De moment, em sento incapaç d'escriure sobre un altre tema que no sigui el maleït coronavirus. Avui, però, evitaré desanimar-vos amb pronòstics funestos i ens centrarem en aprendre ciència gràcies al nostre petit enemic. Intentaré ser amè i rigorós però aviso que no soc expert en el tema així que si veieu alguna errada aviseu-me per poder-la corregir.

Haureu sentit a parlar de la famosa prova per detectar el SARSCov2, oi? Sí, és aquella que es fan tots els VIPs, des del rei als ministres, passant per tota la plèiade de famosets i jet set del regne. Però, en què consisteix la prova?

¿Qué pone en tu DNA?

La prova és molt semblant a la que es fa servir per identificar criminals a partir del seu ADN. Podeu veure aquest simpàtic vídeo de Parlem de ciència.


Val a dir que en el cas del SARSCov2 no analitzem el seu ADN perquè és un virus fet d'ARN. Així a grans trets podem dir que hi ha dues grans diferències estructurals entre l'ADN i l'ARN.

1. L'ADN té una doble hèlix. Són dues cadenes recargolades en forma d'hèlix que es mantenen unides gràcies a les interaccions dels seus nucleòtids complementaris (cada nucleòtid d'Adenina està enllaçat per pont d'hidrogen amb un nucleòtid de Timina i el mateix passa amb els de Citosina i Guanina).

2. Els nucleòtids de l'ADN són: A, T, C i G. En canvi els de l'ARN són: A, U, C i G.


Extracció del material genètic.

Cal una mostra que contingui aquest material genètic. En el cas del SARSCov2 s'acostuma a extreure d'alguna part del tracte respiratori (gola, nas o fins i tot els pulmons). A partir d'aquí cal extreure i aïllar el material genètic (ADN o ARN) de la resta de matèria.

Amplificació.

Un cop extret l'ADN s'ha d'analitzar. I això és així en molts altres processos químics però en el cas de l'ADN (o ARN) no tenim instruments prou sensibles per fer-ho amb tan poca quantitat de mostra. La solució és crear, a partir del material genètic extret de la mostra, moltes còpies d'aquest material genètic. Cada cadena d'ADN la repliquem diversos cops fins que en tenim prou com fer una identificació.

Generalment, aquest procés es fa en un termociclador. En aquest altre vídeo podem veure com funciona.



Identificació.

Com ja sabreu si heu vist els vídeos que acabo d'enllaçar, hi ha diverses maneres d'identificar el material genètic.

L'electroforesi es basa en moure el material genètic a través d'una placa de gel aplicant un camp elèctric que l'atreu. El material genètic ha de passar entre els obstacles del gel. Com més petits siguin els fragments, més fàcil ho té per avançar. Així, la posició final de cada cadena serà característica de cada cadena. Comparant les cadenes de la mostra problema (la que volem identificar) amb un patró que ja tenim identificat (en el nostre cas, les cadenes d'ARN del virus) podem veure si és o no és el mateix material genètic i, per tant, el mateix virus.

Hi ha altres sistemes d'identificació, com el que comenta el Ferran en el primer vídeo (marcat per fluorescència).

Per a què serveix el test?

Aquests dies hi ha hagut una certa polèmica. Al principi, no et feien el test si no havies viatjat a Itàlia o Xina, encara que presentessis símptomes. Ara també costa molt que te'l facin, a no ser que siguis famós.

Alguns diuen que no cal fer tests, que al capdavall et diran que et confinis siguis positiu o negatiu. D'altres diuen que fer molts tests als sospitosos pot ajudar a aturar o alentir les transmissions (és el que han fet a Corea del Sud o Alemanya i sembla que funciona).

En els darrers dies sembla que va emergint la raó per la qual es fan tan pocs tests: no hi ha equips ni personal per fer-ne més. Sembla que el cost per test ronda els 40€, que no sé si és molt o poc però em sembla molt més barat que intentar arreglar l'epidèmia un cop s'ha escampat.

És possible que en els propers mesos (o setmanes) surti algun altre test basat en tecnologies diferents, més ràpid i barat.

4 comentaris:

  1. "Cal una mostra que contingui aquest material genètic. En el cas del SARSCov2 s'acostuma a extreure d'alguna part del tracte respiratori (gola, nas o fins i tot els pulmons)"

    Llavors vol dir que si estàs infectat totes les cèl·lules del teu cos relacionades amb aquestes àrees estan infectades amb el virus?

    ResponSuprimeix
    Respostes
    1. Sense ser expert en la matèria, m'ha semblat entendre que el que t'agafen és bàsicament moc. No t'arrenquen cèl·lules sinó que et freguen amb una mena de bastonet i recopilen tot de matèria en la qual hi ha virus.

      Pensa que el contagi es fa sobretot per microgotetes que contenen virus i que surten amb la tos. Per tant, entre els pulmons (epicentre de la infecció) i la boca és probable que hi hagi una quantitat no petita de virus.

      Suprimeix
  2. Vaig ser de les primeres en demanar més tests, potser no hauriem arribat on estem ara. O potser si. No ho sabrem mai.
    I si, el tema pasta sempre està damunt la taula.

    ResponSuprimeix
    Respostes
    1. Sembla que del que es tracta és de tenir una bona estratègia per encaixar les diverses eines (tests, confinaments, mesures de distanciament social...).

      Suprimeix